Durant l'été 1999, la Cogema va s'employer à reprofiler son émissaire de rejet en mer. Cette opération consistera à redresser sur quelques mètres ce qu'on appelle le « tuyau de la Hague » où le tartre radioactif a tendance à stagner. Un « tuyau » qui est visible à marée basse et qui, demain, ne devrait plus l'être. Avant de procéder à ce reprofilage, les autorités de sûreté nucléaire ont réclamé une cartographie précise et en profondeur de l'extrémité de l'ancienne canalisation de rejets abandonnée en 1984. Cette dernière avait été redécouverte en avril 1998 par Greenpeace qui avait fait état d'une pollution radioactive des sédiments en césium 137, ce qui a été confirmé en novembre 1998 par la Cogema.
C'est la raison pour laquelle des travaux ont débuté afin d'effectuer des carottages jusqu'à 6 m de profondeur pour atteindre la roche dure et observer si la contamination s'est étendue ou si elle est restée limitée. Ce « carottage » a été confié à EMCC (Entreprise Morillon Corvol Courbet) qui a installé une plate-forme dans l'anse des Moulinets à 18 m au-dessus du niveau de basse mer.
Selon les résultats, la Cogema pourra ou non s'attaquer au reprofilage de son émissaire de rejet en mer qui nécessitera un investissement de 100 millions de francs. Une protection interne, un socle en béton et une couverture en béton compléteront l'ouvrage.
