En 2006 déjà, elle avait souligné « l'absence d'outil pertinent de comparaison » entre le mode de gestion publique classique et la gestion dite mixte ou déléguée qui permet de confier « des fonctions autres que celles de direction, de greffe et de surveillance » à des organismes de droit public ou de droit privé habilités à gérer des établissements pénitentiaires.
Pourtant, le périmètre de la gestion déléguée n'a cessé de s'accroître depuis 2007 : « fin 2009, une quarantaine d'établissements fonctionnaient en gestion déléguée, représentant environ 20000 places » sur les 55000 disponibles. En 2012 elle concernera 30000 places. Pour la Cour des Comptes, « l'orientation retenue en faveur du mode de gestion déléguée a été décidée en l'absence d'une évaluation solide et éprouvée sur le plan méthodologique ». Elle a donc missionné l'Inspection Générale des Finances (IGF) qui préconise le « développement d'un grille de comptabilité analytique commune à la gestion publique et à la gestion déléguée», sans toutefois parvenir « à dresser un constat réellement fiable de la comparaison des deux parcs » immobiliers confiés à chacun des deux modes de gestion.
L'administration pénitentiaire est donc encouragée à « définir une autre méthode, par exemple en retenant une approche plus globale, associant à la fois des indicateurs de coût et des indicateurs de qualité de service, à l'occasion de la livraison des nouveaux établissements, en contrat de partenariat et en AOT-LOA ».
