Alain Costes intègre en 1979 la Direction Générale de l’Armement (DGA) où il exercera différentes fonctions : spécialiste propulsion des missiles, directeur de programme, responsable des domaines « Missiles/Espace » puis « Constructions navales » au cabinet du délégué général pour l’armement, directeur technique du Centre d'essais aéronautique de Toulouse et chargé des actions du ministère de la défense en faveur des PME-PMI pour la Région Midi-Pyrénées, directeur de l'atelier industriel de l'aéronautique de Cuers-Pierrefeu (1999-2003), enfin sous-directeur Europe-Amérique du sud (2005-2010) au sein de la direction du développement international de la DGA.
En 2010, il a été nommé chef de la mission MMAé - Modernisation du maintien en condition opérationnelle des aéronefs du ministère de la Défense - au Conseil Général de l’Armement. A 56 ans, il devient directeur d’AFNOR Normalisation.
Son adjointe est Isabelle Rimbert, entrée chez AFNOR en 1992, responsable du département Services, Management et Consommation d’AFNOR Normalisation depuis 2002, et qui a succédé en février 2012 à Jean Hyenne au poste de Directeur-Adjoint.