Après la réalisation du 1er tube mis en service en 2002 et qui avait déjà connu d'importantes difficultés (coût total porté à 350 millions d'euros), ce 2ème tube devrait coûter encore plus cher et dépasser les 450 millions d'euros.
Il faut dire que la géologie très incertaine du sous sol toulonnais, les problèmes rencontrées à l'est sous les immeubles l'Esplanade et le Dauphin et l'arrêt du chantier pendant un an dans ce secteur plus toutes les précautions supplémentaires (travaux, moyens de surveillance) prises sur le tracé pour faire face aux aléas de ce chantier ont fait au fil du temps grimper la facture de façon vertigineuse.
Une réunion des co-financeurs est prévue en préfecture de région le 15 décembre prochain pour fixer la répartition de la prise en charge de ce surcoût. Actuellement, le projet est financé selon la clé habituelle : 27,5 % par l'Etat et la Région, 22,5% par le conseil général du Var et la communauté d'agglomération Toulon Provence Méditerranée. S'ils n'ont d'autres choix que d'achever cette infrastructure dont la mise en service est prévue mi-2013, des partenaires en contestent sans attendre le coût actuel. Comme le président de la Région PACA, Michel Vauzelle qui réclame une expertise indépendante et s'étonne de « cette dérive car l'expérience du 1er tube aurait dû permettre de réaliser une meilleure évaluation du coût de l'opération ainsi qu'une meilleure gestion. » Il demande que l'Etat assume pleinement ses responsabilités.