Fermé depuis 2019, le musée rouvrira au public le 19 septembre 2025, à l’occasion des Journées européennes du patrimoine. Après six années de rénovation, l’établissement présentera des espaces modernisés tout en préservant la richesse de son patrimoine scientifique et culturel. L’objectif est de proposer un lieu de découverte accessible à tous, en phase avec les enjeux contemporains de transmission et de sensibilisation.
Le nouvel aménagement comportera 2 000 m² consacrés aux expositions, ainsi que 800 m² dédiés à l’accueil du public. Des ateliers pédagogiques, une boutique et une muséographie immersive mettront en valeur des pièces exceptionnelles, comme le cœlacanthe ou les modèles en verre créés par les frères Blaschka. Certains espaces mettront également en avant la biodiversité strasbourgeoise et les écosystèmes régionaux.
Ce projet représente un investissement de 17,1 millions d’euros, financé par l’État, la Ville, l’Eurométropole, l’université de Strasbourg, ainsi que des fonds européens, d'autres partenaires publics et des mécènes privés.